Thành phố được thành lập vào năm 1901 bởi những người định cư gốc Anh.[3] Nó được quy hoạch dưới thời thuộc địa vào năm 1948 bởi Ernst May, kiến ​​trúc sư và nhà quy hoạch đô thị người Đức. May cũng thiết kế sơ đồ quy hoạch đô thị cho Kampala, thủ đô của đất nước Uganda. Các khu ổ chuột trong khu vực đã được tái quy hoạch, khiến hơn 1.000 cư dân phải di dời vào những năm 1950.[4]

Jinja là một trong những thành phố của Uganda bị ảnh hưởng bởi Chiến tranh Uganda – Tanzania 1978–1979. Sau khi Kampala thất thủ trước liên quân của Lực lượng Phòng vệ Nhân dân Tanzania (TPDF) và Quân Giải phóng Quốc gia Uganda (UNLA), Tổng thống Idi Amin đã chạy trốn đến Jinja. Ở đó, ông cố gắng tập hợp các tàn dư của Quân đội Uganda.[5][6] Theo nhà báo Nelson Bwire Kapo, Amin thậm chí đã tuyên bố Jinja là thủ đô mới của Uganda,[7] nhưng nhanh chóng trốn đến Arua và từ đó sống lưu vong.[8]